در دوران خشونت‌آمیز به نام باکوماتسو، یک قاتل ایشین وجود داشت که فقط به نام هیتوکیری باتوسایی شناخته می‌شد، که مهارت و بی‌رحمی‌اش در عصر بازسازی که او در ساخت آن کمک کرد، تقریباً افسانه‌ای شد. با این حال، با نزدیک شدن به زمان جنگ، او بدون هیچ اثری ناپدید شد، اما یازده سال بعد به عنوان یک شمشیرزن سرگردان، هیمورا کنشین، دوباره ظاهر شد.

چند سال پس از پایان جنگ شینوبی ، بروتو پسر ناروتو تصمیم می گیرد در کنار ساراتا و میتسوکیِ مرموز در آزمون چونین شرکت کند. اما…

زمانی که هایوگا هانابی توسط بیگانه های اوتسوتسوکی تونری ربوده می شود ، ناروتو برای نجات وی دست به کار می شود. اما…

ناروتو و ساکورا در دنیایی موازی توسط مادارا اسیر می شوند که قصد دارد نه دم را از ناروتو بدزدد...

یک گروه مرموز از نینجاها به نام سو-نین که از کشور آسمان هستند به شهر کونوها حمله می‌کنند و…

داستان این قسمت در جایی آغاز می شود که ناروتو در حال انجام دادن یک سری از تمرین های بسیار سخت می باشد که بر اثر یک اتفاق نادر بک گذشته سفر می کند پس از اینکه ناروتو با از سر گذراندن اتفاقات بسیاری متوجه می شود که به گذشته رفته است وارد شهری به نام لوران می شود در این شهر او او متوجه می شود که...

نینجاها در سرتاسر تمام کشورها ناپدید میشوند و همه ملت آتش رو مقصر میدانند. به دستور سوناده، کاکاشی قربانی میشود تا جلوی جنگی همه جانبه گرفته شود....

فردی میانسال که همه چیزش را از دست داده، در زمان سفر میکند و به دوران مدرسه رفتنش می رود تا عشق را در زندگی اش نجات دهد. همچنین او باید رهبر یک باند مخوف در مدرسه شود.

یوتا اوکوتسو، یک دانش آموز دبیرستانی که کنترل روح نفرین شده بسیار قدرتمند را به دست می آورد و توسط جادوگران جوجوتسو در دبیرستان جوجوتسو استان توکیو ثبت نام می کند تا به او کمک کنند قدرت خود را کنترل کند و او را زیر نظر داشته باشند.

تانجیرو کامادو، به همراه اینوسوکه هاشیبیرا، پسری که توسط گرازها بزرگ شده و سر گراز بر سرخود می گذارد و زنیتسو آگاتسوما، پسری ترسو که قدرت واقعی ش هنگام خواب نمایان می شود, در قطار ابدیت عازم ماموریتی جدید هستند.

هانیتا شویو، دانش آموزی است که پس از تماشای یک مسابقه قهرمانی ملی والیبال در تلویزیون علاقه ای زیاد به این رشته پیدا میکند. او تلاش می کند که به هدفش یعنی تبدیل شده به یک ستاره والیبال دست یابد.

داستان دختری زیبا و مرموز بنام شیون را که به تازگی وارد دبیرستان کیبو شده و بخاطر اجتماعی بودن و مهارت بالا در ورزش هم بسیار محبوب شده است را روایت میکند.